Es un procesador de texto que ofrece además la posibilidad de incluir trozos de código desde R (u otros formatos). El principal beneficio de esta herramienta es que permite trabajar en un sólo documento tanto la redacción del contenido narrativo de reportes de investigación, como también la construcción y presentación formal de resultados de análisis estadísticos. https://bookdown.org/gboccardo/manual-ED-UCH/
El paquete {knitr} integra en un sólo archivo markdown el texto ingresado en formato RMarkdown y los resultados de la ejecución de los códigos construidos mediante R.
19.1 Elementos del Rmarkdown
El encabezado, ese lo modificamos desde que abrimos el archivo y se escribe automáticamente en el código.
El texto, es lo que escribimos.
El código, insertamos los chunks. Aprovechemos para instalar los paquetes de hoy.
also installing the dependencies 'lobstr', 'magick', 'pryr', 'rapportools'
The downloaded binary packages are in
/var/folders/cs/l39f28z17sd6hk2mhxkpgz_c0000gn/T//RtmpxjNEZ1/downloaded_packages
summarytools installed
Warning in system2("/usr/bin/otool", c("-L", shQuote(DSO)), stdout = TRUE):
comando ejecutado ''/usr/bin/otool' -L '/Library/Frameworks/R.framework/
Resources/library/tcltk/libs//tcltk.so'' tiene estatus 1
echo = FALSE significa que no se desplegará la sintaxis en el reporte, pero sí se ejecutará la operación y mostrarán los resultados.
results = ’asis indica que el resultado se exportará directamente al nuevo archivo, sin que sea configurado por RMarkdown. Esto es útil con funciones que formatean de manera inmediata los resultados al formato deseado.
message = FALSE indica que no se mostrarán los mensajes de información en el informe final.
Cuando le hacemos click en la opción “knit” un documento se va a generar e incluye el contenido, así como los resultados de los códigos que incluyamos.
El primer título se pone con un signo de numeral # Título 1 ## Subtítulo 1 ### Subtítulo 1.1
También hay varias opciones para resaltar el texto. negrita
cursiva
subrayado
Podemos también hacer listas + Elemento 1 + Elemento 2 1. Sub elemento 1. 2. Sub elemento 2.
19.2 Tablitas
Hay varias opciones para hacer tablitas en Rmarkdown.
Una de ellas es con summarytools, para hacer tablas de frecuencias.
Primero vamos a abrir la base de datos de concentrado2020.
Descriptive Statistics
concentrado2020$edad_jefe
Label: Edad del jefe del hogar
N: 89006
edad_jefe
----------------- -----------
Mean 51.09
Std.Dev 15.99
Min 14.00
Q1 39.00
Median 50.00
Q3 62.00
Max 107.00
MAD 17.79
IQR 23.00
CV 0.31
Skewness 0.28
SE.Skewness 0.01
Kurtosis -0.56
N.Valid 89006.00
Pct.Valid 100.00
También podemos utilizar el paquete kableExtra.
Primero hacemos una tabla de frecuencias y la guardamos en formato data.table.
tabla <- concentrado2020 %>%tabyl(sexo_factor) %>%adorn_pct_formatting(digits=1)tabla <- tabla %>%rename(Sexo=sexo_factor) %>%rename(Frecuencia=n) %>%rename(Porcentaje=percent)
Opción más básica
kbl(tabla)
Sexo
Frecuencia
Porcentaje
Hombre
63230
71.0%
Mujer
25776
29.0%
O le podemos cambiar el tema.
tabla %>%kbl() %>%kable_styling()
Sexo
Frecuencia
Porcentaje
Hombre
63230
71.0%
Mujer
25776
29.0%
Otras opciones son: kable_paper, kable_classic, kable_classic_2, kable_minimal, kable_material y kable_material_dark.
tabla %>%kbl() %>%kable_paper("hover", full_width = F)
Sexo
Frecuencia
Porcentaje
Hombre
63230
71.0%
Mujer
25776
29.0%
Podemos cambiar el tipo de letra y el tema a clásico. Además agregarle el título.
tabla %>%kbl(caption ="Número de hombres y mujeres jefas de hogar en México 2020") %>%kable_classic(full_width = T, html_font ="Cambria")
Número de hombres y mujeres jefas de hogar en México 2020
Coordinate system already present. Adding new coordinate system, which will replace the existing one.
ggplotly(grafico)
Haremos otro mapa.
La función readOGR del paquete rgdal, extrae automáticamente la información utilizada por otros paquetes SIG de código abierto como QGIS y permite a R manejar una gama más amplia de formatos de datos espaciales. Esta función lee datos OGR y datos vectoriales, pero solamente permite manejar capas con características geométricas (no mezcla puntos, líneas o polígonos en una sola capa) y a su vez establecerá un sistema de referencia espacial si la capa tiene dichos metadatos.
Para leer un archivo shapefile, se establecen los siguientes argumentos, como dsn, en donde se indica el directorio que contiene los shapes y layer que es el nombre explícito de la capa a trabajar y dichas capas deben de ir sin la extensión .shp.
A continuación se lee el archivo .shp que contiene de manera integrada la división de el área geoestadística estatal agee.
Warning in OGRSpatialRef(dsn, layer, morphFromESRI = morphFromESRI, dumpSRS
= dumpSRS, : Discarded datum International_Terrestrial_Reference_Frame_2008
in Proj4 definition: +proj=lcc +lat_0=12 +lon_0=-102 +lat_1=17.5 +lat_2=29.5
+x_0=2500000 +y_0=0 +ellps=GRS80 +units=m +no_defs
OGR data source with driver: ESRI Shapefile
Source: "/Users/anaescoto/Dropbox/2022/Curso_r_cnvl/coneval/conjunto_de_datos", layer: "00ent"
with 32 features
It has 3 fields